مؤسسۀ پژوهشی بایسنغر اکنون دارای کتاب‌خانه‌ای‌ست با حدود ۲۵۰۰ عنوان کتاب که عمدتاً منابع ادبی، تاریخی، دینی، تصوف و تاریخ سیاسی معاصر کشور را در بر دارد. کوشش شده بیش‌تر منابع گردآوری شده، منابع دست اول باشند که در دیگر کتاب‌خانه‌های شهر کم‌تر در دسترس قرار دارند. مُهر این کتابخانه، بازسازی مهر کتابخانۀ شاه‌زادۀ تیموری سلطان غیاث‌الدین بایسنغر بهادرخان با افزایش نام کتابخانه به خط نسخ در قسمت فوقانی آن مُهر به صورت مدوّر است.
هستۀ اولیۀ این کتابخانه کتب شخصی دکتر خلیل‌الله افضلی است که از شهرهای مشهد، تهران، کابل، هرات و برخی شهرهای دیگر شامل کتب چاپی و چاپ سنگی گرد آمده است. بعدها کتابخانۀ دکتر محمدالله افضلی (بیش از 800 عنوان)، دورۀ کامل آثار مرکز تحقیقات فارسی ایران و پاکستان (300 عنوان کتاب و مجله) و بخشی از کتاب‌خانه‌های استاد محمدصالح افضل افندی (بیش از 200 عنوان)، میرزا عبدالسلام غوریانی (50 عنوان کتب نفیس چاپ سنگی و دست‌نویس‌ها)، عمادالدین بیژن سلجوقی و عابده سلجوقی (بیش از سیصد عنوان کتب روان‌شناسی، فلسفی و ادبیات)، عبدالکبیر صالحی (150 عنوان شامل کتب دینی و تصوفی) و … به آن افزوده شد. در سال‌های پسین نیز نهادهایی چون نشر زریاب (کابل)، نشر جوان و مجلۀ شمیره (هرات)، انتشارات احمدی (هرات)، انستیتوت مطالعات استراتیژیک افغانستان (کابل)، انتشارات امیری (کابل)، آژانس کمک و همکاری ترکیه یا تیکا (هرات)، دانشگاه جامی (هرات)، بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار (تهران)، مرکز اسناد و کتابخانۀ مجلس شورای اسلامی (تهران)، مؤسسۀ پژوهشی میراث مکتوب (تهران) و … برخی از آثار و انتشارات خود را به این کتابخانه اهدا کردند. پژوهشگران و محققانی چون دکتر محمد جعفری قنواتی (تهران)، دکتر محمدجعفر یاحقی (مشهد)، دکتر سلمان ساکت (مشهد)، دکتر رضا غوریانی (تربت جام)، دکتر شعیب مجددی (کالیفرنیا)، محمدیعقوب مشعوف (هرات)، دکتر حسن فرید (هرات)، قاضی مستمند غوری (هرات)، حمیدالله کامگار (غوریان)، نبی ساقی (کابل) ،دکتر طغیان ساکایی (کابل)، سیدعباس رستاخیز (قم)، دکتر اسدالله شعور (کانادا)، دکتر عارف نوشاهی (راولپندی)، نصرالدین سلجوقی (دوبلین)، فرامرز سروری (هرات)، دکتر عبدالغفور آرزو (کابل)، دکتر جواد عباسی (کانادا)، دکتر سیدجمال‌الدین موسوی (قم)، زنده‌یاد عبدالعزیز مهجور و … شماری از آثار خود را در سال‌های پسین به این کتابخانه ارسال کرده‌اند.
کتابخانه اکنون به لحاظ منابع هرات‌شناسی و همچنین منابع ادبی و تاریخی یکی از کتاب‌خانه‌های کم‌نظیر در کشور است. از مهم‌ترین آثار این کتابخانه باید به دورۀ کامل مجلۀ هرات باستان (چاپ اکادمی علوم افغانستان)، دورۀ نخست مجلۀ ادبی هرات، مجلۀ بلدیه، و نیز نخستین آثار چاپ مطابع هرات و کتب قدیمی چاپ کابل و تهران اشاره کرد.
پژوهشگران و دانشجویان می‌توانند پس از تکمیل فرم، در روزهای یک‌شنبه تا پنج‌شنبه از ساعت نُه صبح تا پنج عصر از این کتابخانه به صورت رایگان استفاده کنند.
جهت کمک به دانشجویان و پژوهشگران در صورتی که به منبع خاصی در حوزۀ تاریخ و ادبیات ضرورت بیفتد و این کتاب در کتابخانه موجود نباشد ما آن را ظرف مدت زمان اندکی فراهم خواهیم ساخت. پیشنهادات و انتقادات خود را در خصوص خدمات کتابخانۀ مؤسسۀ پژوهشی بایسنغر می‌توانید به نشانی info@baysunqur.com ایمیل کنید.
یادداشت: کتابخانه از مرداد / اسد 1400 به این سو خدمات خود را تا مدتی نامشخص متوقف کرده و به محل دیگری منتقل شده است. در عوض پژوهشگران و علاقه‌مندان می‌توانند از خدمات بخش دیجیتال این کتابخانه با مراجعۀ حضوری و یا مجازی استفاده کنند. این خدمات شامل ارائۀ فایل پی‌دی‌اف مقاله‌ها، کتاب‌ها و دست‌نویس‌ها می‌شود.
